เดิมชื่อ “ศูนย์สุขภาพจิต 3” เป็นหน่วยงานระดับกอง มีภาระหน้าที่รับผิดชอบในการดูแลปัญหาสุขภาพจิตของประชาชนในภาคตะวันออกเฉียงเหนือทั้งภาค นับว่าเป็นศูนย์สุขภาพจิตแรกของกรมสุขภาพจิต เปิดดำเนินการอย่างเป็นทางการครั้งแรกเมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม 2538 ตั้งสำนักงานอยู่ภายในโรงพยาบาลจิตเวชขอนแก่น มี นายแพทย์อุดม เพชรสังหาร เป็นผู้อำนวยการฯ คนแรก ต่อมากรมสุขภาพจิตได้จัดตั้งศูนย์สุขภาพจิตเพิ่มอีก 3 ศูนย์คือ
1. ศูนย์สุขภาพจิตที่ 2 รับผิดชอบภาคเหนือ
2. ศูนย์สุขภาพจิตที่ 4 รับผิดชอบภาคใต้
3.ศูนย์สุขภาพจิตที่ 1 รับผิดชอบภาคกลางและกรุงเทพมหานคร
ศูนย์สุขภาพจิต 3 มีอำนาจหน้าที่ตามที่บัญญัติไว้ในมาตรา 5(9) แห่งพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสถาบันสุขภาพจิต (ชื่อกรมสุขภาพจิตในขณะนั้น) กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ.2536 ดังนี้
1. พัฒนางานวิชาการด้านสุขภาพจิตและปัญญาอ่อนในเขตจังหวัดภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
2. ให้บริการบำบัดรักษาผู้ป่วยโดยเฉพาะในระดับตติยภูมิ เพื่อพัฒนางานด้านสุขภาพจิตและปัญญาอ่อน
3. สอนและฝึกอบรมจิตเวชศาสตร์และศาสตร์ที่เกี่ยวข้องในระดับก่อนและหลังปริญญา
4. ส่งเสริม สนับสนุนการให้บริการด้านการบำบัดรักษาและฟื้นฟูสมรรถภาพจิตใจแก่หน่วยงานในพื้นที่รับผิดชอบ
5. ประสานการจัดทำแผน โครงการด้านสุขภาพจิตและปัญญาอ่อนในเขตพื้นที่รับผิดชอบ รวมทั้งเร่งรัดติดตามผลการปฏิบัติของหน่วยงานด้านจิตเวชหใเป็นไปตามแผนงาน โครงการ และเป็นศูนย์ข้อมูลข่าวสาร
6. ปฏิบัติงานร่วมหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
ขอบเขตความรับผิดชอบของศูนย์สุขภาพจิต 3
ด้านนโยบายและแผน
1. เสนอความเห็นเพื่อประกอบการวางแผนและพัฒนางานสุขภาพจิตในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
2. ประสานการจัดทำแผนงาน โครงการด้านสุขภาพจิตและปัญญาอ่อนในเขตพื้นที่รับผิดชอบ รวมทั้งเร่งรัดติดตามผลการปฏิบัติงานด้านจิตเวชให้เป็นไปตามแผนงาน โครงการ และเป็นศูนย์ข้อมูลข่าวสาร
3. ค้นคว้า วิจัย และสนับสนุนการค้นคว้า วิจัยเพื่อการพัฒนานโยบายและแผนงานด้านสุขภาพจิตในพื้นที่รับผิดชอบ
ด้านข้อมูลข่าวสาร
1. เป็นศูนย์ข้อมูลข่าวสารด้านสุขภาพจิตของภาคตะวันออกเฉียงเหนือด้านการพัฒนาบุคลากร
2. พัฒนาบุคลากรด้านสุขภาพจิตและบุคลากรที่เกี่ยวข้องในด้านนโยบายและแผนงาน การประเมินผลข้อมูลข่าวสาร ระบาดวิทยา ตลอดจนด้านอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการบริหารการพัฒนา
ต่อมา กรมสุขภาพจิตเห็นว่า ศูนย์สุขภาพจิต 1 – 4 มีพื้นที่รับผิดชอบกว้างใหญ่เกินกว่ากำลังของบุคลากรประจำศูนย์จะดูแลรับผิดชอบได้ทั่วถึงและมีประสิทธิภาพได้ จึงมีคำสั่งที่ 039/2542 ลงวันที่ 18 มกราคม พ.ศ.2542 จัดตั้งศูนย์สุขภาพจิตเขต 1 – 13 รวม 13 ศูนย์ โดยให้แต่ละศูนย์รับผิดชอบพื้นที่เช่นเดียวกับพื้นที่เขตตรวจราชการของกระทรวงสาธารณสุขจำนวน 12 เขต ส่วนศูนย์สุขภาพจิตที่ 13 รับผิดชอบพื้นที่กรุงเทพมหานครทั้งหมด
ที่สุด เมื่อพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.2545 ประกาศใช้ มีผลให้กรมสุขภาพจิตต้องปรับปรุงโครงสร้างภายในเพื่อรับการเปลี่ยนแปลง และครั้งนี้ศูนย์สุขภาพจิตเขตทั้ง 13 เขต ได้รับการเปลี่ยนชื่อและหน้าที่ความรับผิดชอบอีกครั้งหนึ่ง รวมทั้งได้ปรับปรุงกรอบอัตรากำลังให้เหมาะสมกับสภาพปัญหาและพื้นที่ในปัจจุบัน โดยกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมสุขภาพจิต กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ.2545 ให้มี ศูนย์สุขภาพจิตที่ 1 – 12 (แทนชื่อศูนย์สุขภาพจิตเขต 1 –12) เป็นหน่วยงานระดับกอง (สำหรับศูนย์สุขภาพจิตที่ 13-15 กรมสุขภาพจิตมีคำสั่งจัดตั้งภายหลังโดยกำหนดให้เป็นหน่วยงานระดับกอง มีเขตพื้นที่รับผิดชอบเดิม โดยให้มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
1. ส่งเสริมและสนับสนุนการดำเนินงานด้านสุขภาพจิตชุมชนในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
2. พัฒนาวิชาการด้านส่งเสริมและป้องกันปัญหาสุขภาพจิต รวมทั้งเป็นศูนย์ข้อมูลข่าวสารด้านสุขภาพจิตในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
3. ถ่ายทอดองค์ความรุ้และเทคโนโลยีด้านสุขภาพจิตแก่หน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องทั้งภาครัฐและเอกชนในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
4. บริหารการพัฒนาและร่วมจัดทำแผนแก้ปัญหาสุขภาพจิตในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
5. นิเทศ และติดตามผลการปฏิบัติงานสุขภาพจิตในเขตพื้นที่รับผิดชอบ
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
โดยแบ่งส่วนราชการภายในออกเป็น 1 ฝ่ายกับ 1 กลุ่มงานได้แก่
1. ฝ่ายบริหารทั่วไป
2. กลุ่มงานวิชาการสุขภาพจิต
วันที่ 1 มิถุนายน 2558 มีคำสั่งให้เปลี่ยนแปลงเลขที่ศูนย์สุขภาพจิต จาก “ศูนย์สุขภาพจิตที่ 6” เป็น “ศูนย์สุขภาพจิตที่ 7“
